本ガイドラインは、政府の中央防災会議首都直下地震対策検討ワーキンググループの「首都直下地震の被害想定と対策について」（平成 25 年 12 月）により首都直下地震の発生が懸念されていることに対して、首都直下地震緊急対策推進基本計画及び政府業務継続計画に基づき、首都直下地震発生時においても首都中枢機能が維持できるようにするため、政府全体の業務継続計画を有効に策定・運用し、改善していくための手引書であり、各府省等の幹部職員や業務継続の主務課だけではなく、各部署の非常時優先業務に従事する職員をはじめとするすべての職員の参考となるものとして作成されている。
また、業務継続計画とは、内閣府が策定している「事業継続ガイドライン―あらゆる危機的事象を乗り越えるための戦略と対応―」（令和３年４月改定）に示されているとおり、自然災害全般など、業務の中断をもたらす可能性がある様々な発生事象を対象とすることができる。発生事象により制約が生じる業務資源が共通であれば、その業務資源の代替となる資源・手段の確保や被害軽減の対策を実施することにより、それら発生事象に基本的には共通に有効となる。
したがって、本ガイドラインは、首都直下地震に有効なものであることはもちろんであるが、近年被害が増加している風水害をはじめ、他の自然災害にも有効なものとなっている。
「中央省庁業務継続ガイドライン第２版（首都直下地震対策）」を策定した平成 28 年４月以降、各府省の取組が進展する中、近年の災害の激甚化・頻発化を踏まえ、中央省庁の業務継続計画の実効性を高めるため、業務継続の基本的な考え方等を明示し、業務継続計画の維持管理、関係機関との連携強化等に関する記述を充実させるとともに、男女共同参画の進展や働き方の多様化等の社会情勢の変化などを踏まえて内容を見直し、ここに「中央省庁業務継続ガイドライン第３版（首都直下地震対策）」（以下「本ガイドライン」という。）として策定することとした。
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